
Detalle del altar mayor: los detalles en los bordes, el sagrario, la última cena, resaltan con el material de bronce, con algunas zonas pintadas.
Perspectiva nave central: la iglesia presenta forma de cruz latina con el transepto y la constitución de las tres naves longitudinales. Según M. Waisberg en su libro “La arquitectura religiosa de Valparaíso”, esta obra: “presenta una de las mejores materializaciones logradas en Chile de este movimiento estilístico [neogótico y románico dentro del movimiento historicista] y corresponde al quehacer arquitectónico de la época.”
Tras el Concilio Vaticano II (1962-1965) el mesón del altar o ara fue vuelto a hacer con la barandilla del comulgatorio que se emplazaba entre el presbiterio y el resto del templo. Casi imperceptible por los abundantes detalles, pende delante del retablo la Lámpara del Altísimo. En esta zona también se emplazan los sitiales originales.
Las bancas aunque antiguas, son de manufactura nacional y no originales de la iglesia. Y las baldosas del piso imitan los valores estéticos de las originales.

Sobre las baldosas originales del presbiterio, compradas en Inglaterra a la casa Hargreaves-Craven Dunhill y Cía., se eleva el retablo de madera tallada y policromada original, adquirido a los escultores Goyer & Hnos. de Lovaina, Bélgica entre 1970 y 1972. Fue limpiado por restauradores en 1981.
En él se ubican escenas en relieves de madera a cada lado. Una (izquierda) representa la institución de la Eucaristía por Jesús, y la otra (derecha) al sacerdote que da la comunión, confirmando la ceremonia (base imagen).Sobre ellos, en un mismo nivel, 4 figuras (izquierda a derecha) corresponden a San Pacomio, San Agustín, San Bernardo y Santo Domingo. En el nivel superior siguiente son 3: al medio, el patrono de la iglesia San José, y a sus lados San Francisco Regis (derecha) y San Benito (izquierda). Actualmente se ausentan 4 íconos por robos.
Coronando el retablo, el tallado de los Sagrados Corazones.

En la zona del presbiterio abundan los elementos de madera, carcomidos por los xilófagos (base del santo), y se ausentan algunas figuras pequeñas por robos, en especial de esta serie de menor formato. Se tratan de íconos originales de madera policromada que representan santos.


Relieves de madera tallada por escultores belgas, que forman parte del retablo en el presbiterio.

Los sitiales de madera aún se conservan en el presbiterio, aunque sin uso. Funcionaban para los sacerdotes (en un tiempo se llegaron a contar 30 religiosos) que acompañaban el oficio divino -de extrema duración- y tienen un mecanismo que permite el apoyo, quedando la persona semi parada.
El antiguo altar de mármol fue destruido, quedando en reemplazo uno de madera, que sostiene el sagrario y un pequeño crucifijo. Sobre el mesón, un óleo (copia de uno original italiano) representa dos escenas: la superior es la Transfiguración y la inferior, la sanación de un niño.
Esta zona es más débil, por los sucesivos desplomes de su techo en los terremotos.

Según cuenta el hermano Fernando Candía, el incendio fue catastrófico para la iglesia, por cuanto perdió toda ornamentación y partes estructurales del interior. Los muros de adobe actuaron como un horno de barro, fundiendo todo el interior, y provocando el desplome del techo. Quedan originales los muros de adobe, la torre y pórtico de ladrillos, la zona del presbiterio (que tras el incendio se descubrió que también era de ladrillo), y las columnas bajas de la entrada (quedaron de ellas sus cuartones).
Formalmente, la antigua iglesia era muy parecida a la actual, pero de menor ornamentación. Según el hermano Candía, se llegaron a contar 13 colores antes del incendio.
Para reconstruir la iglesia, se usaron maderas traídas por barco desde Chiloé, incluido el carpintero.El conjunto del altar mayor, retablos y púlpitos fueron donados tras el incendio por las monjas de la Sagrada Familia. Aquella fue la vez cuando se retocaron con pintura, hasta hoy, y su mayor deterioro radica en termitas y otros xilófagos que debilitan la madera.
Se estima que éstos, provenientes de la capilla de la Merced, tienen su origen entre los años 1850 - 1860.


Sobre el altar mayor se distingue un vano circular, que contenía el antiguo vitral. Actualmente, en reemplazo, se encuentra la representación de dos brazos uniéndose entra las nubes, uno es de San Francisco y el otro de Jesús Crucificado. Vitral pintado, elaborado por Guillermo Valdivia, su estado de desgaste se manifiesta en la palidez de los colores.

Detalle de grietas sobre el vano redondeado que alberga un dibujo hecho por Guillermo Valdivia, en la zona del presbiterio.
Proyecto Documenta es una iniciativa localizada en Valparaíso, Chile. Tiene una licencia Creative Commons de junio del 2007.
El proyecto fue financiado por el Fondo Nacional de la Cultura y las Artes en su línea Conservación y Difusión del Patrimonio Cultural.