El órgano actual es un Foster & Andrews, elaborado en la ciudad de Hur, Escocia en 1837 y adquirido en 1900 por la 1º Iglesia Presbiteriana. Empotrado en el término de la nave lateral oriente, funcionaba con un motor eléctrico, que hoy se encuentra deteriorado. Sin embargo, también cuenta con un sistema de fuelles que deben ser movidos con fuerza humana para activar los aires que dan sonido al órgano.
El original se ubicaba tras el presbiterio, y fue llevado por la Union Church a su templo en Viña del Mar cuando dejaron esta edificación a la 1º Iglesia Presbiteriana de Chile en 1946.


Los daños registrados en el actual órgano se deben a los cometidos por la anterior congregación (1972-1985) que de los 840 registros dejaron 200, doblando y rompiendo algunos tubos de estaño.
Un estudio reveló que el órgano no puede ser reparado ni restaurado.

Financiado con 5000 pesos oro de la época por el norteamericano Enrique Meiggs, fue traído desarmado desde París, comprado a la casa Airtide Cavaille-Coll por el padre Román Démarais en 1871, y armado en la iglesia. Se ubica en la zona del coro, y pese a los repetidos daños de la fachada por los terremotos, éste no ha sido afectado encontrándose en perfecto estado y aún en uso.
Tiene 24 registros, 1380 tubos. Fue restaurado después del terremoto de 1906, con el reemplazo de sus tubos originales mezcla de estaño, plomo y plata. Hace 2 años terminó su última restauración que significo entre otros, el reemplazo del fuelle manual por uno eléctrico. Al fondo se iluminan los vitrales nacionales de la fachada.

El órgano original francés se ubica en la zona del coro, y pese a los repetidos daños de la fachada por los terremotos, éste no ha sido afectado encontrándose en perfecto estado y aún en uso.

Detalle de los tubos del órgano francés traído por el padre Démarais en 1871.
Tiene 24 registros, 1380 tubos. Fue restaurado después del terremoto de 1906, con el reemplazo de sus tubos originales mezcla de estaño, plomo y plata. La última restauración general del mueble terminó hace dos años.

Bajo el diseño del arquitecto Lucien Hénault se edificó una iglesia de estilo predominante neogótico. Se alterna con neorrománico introducido por el arquitecto Arturo Meakin junto a Juan Livingstone (en 1868) y finaliza la obra gruesa y terminaciones interiores Eduardo Fehrman entre 1870 y 1872. El conjunto se enmarca en el estilo historicista.
En 1872, el pintor francés Alejandro Boulet pinta y decora el interior del templo. Luego se han hecho dos nuevas manos de pintura (1924, 1986), siempre respetando y continuando los valores pictóricos y estéticos. La pintura de la bóveda no ha sito intervenida y corresponde a la original.
El órgano fue traído desarmado desde París, comprado a la casa Airtide Cavaille-Coll por el padre Démarais en 1871, y armado en la iglesia.

Vista general desde el presbiterio hacia la entrada de la iglesia:
se distingue en lo alto (al final) el coro donde se emplaza el órgano y bajo él, la brillante entrada de vidrios renovados tras el incendio que consumió parte de la iglesia. A lo largo de la nave, los vitrales, originales y no, alumbran hacia el interior.
El cielo original de la nave principal es plano, cruzado por vigas que conforman rectángulos. En él se perciben dos faltantes, uno sobre el órgano (centro, arriba) y otro en el ábside, tratados de tapar con tablas. La razón de su presencia es desconocida.
Sin embargo, en el resto no hay deterioros por aguas lluvias, concentrándose éstas en las naves laterales, y en pilares que sostienen cercanos al coro.
Proyecto Documenta es una iniciativa localizada en Valparaíso, Chile. Tiene una licencia Creative Commons de junio del 2007.
El proyecto fue financiado por el Fondo Nacional de la Cultura y las Artes en su línea Conservación y Difusión del Patrimonio Cultural.