Según cuenta el hermano Fernando Candía, el incendio fue catastrófico para la iglesia, por cuanto perdió toda ornamentación y partes estructurales del interior. Los muros de adobe actuaron como un horno de barro, fundiendo todo el interior, y provocando el desplome del techo. Quedan originales los muros de adobe, la torre y pórtico de ladrillos, la zona del presbiterio (que tras el incendio se descubrió que también era de ladrillo), y las columnas bajas de la entrada (quedaron de ellas sus cuartones).
Formalmente, la antigua iglesia era muy parecida a la actual, pero de menor ornamentación. Según el hermano Candía, se llegaron a contar 13 colores antes del incendio.
Para reconstruir la iglesia, se usaron maderas traídas por barco desde Chiloé, incluido el carpintero.El conjunto del altar mayor, retablos y púlpitos fueron donados tras el incendio por las monjas de la Sagrada Familia. Aquella fue la vez cuando se retocaron con pintura, hasta hoy, y su mayor deterioro radica en termitas y otros xilófagos que debilitan la madera.
Se estima que éstos, provenientes de la capilla de la Merced, tienen su origen entre los años 1850 - 1860.

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El proyecto fue financiado por el Fondo Nacional de la Cultura y las Artes en su línea Conservación y Difusión del Patrimonio Cultural.